Na temat dawnych organów kolegiackich mamy bardzo skąpe wiadomości. W 1604 r. kapituła zawarła z organmistrzem Hansem Kawelem (Kauelem) ze Świętej Siekierki kontrakt na budowę du­żych, czyli głównych, organów. Instrument ów był odnawiany w 1650 r. przez Michała Mollera z Gdańska za sumę 1021 grzywien; wysokość wynagrodzenia mogłaby świadczyć wręcz o dokonaniu przebudowy. Nowe organy konsekrowano w 1837 r. Wydaje się jednak mało prawdopodobne, aby tak wcześnie mogła powstać zachowana do dzisiaj szafa. Prospekt należałoby datować na lata około 1870—1880. Na odwrocie tego prospektu odnaleziono, co prawda odręczny podpis organmistrza (nazwisko nieczytelne), poło­żony w maju 1898 r., zapewne dotyczył on jednak naprawy in­strumentu. Kolejnej naprawy dokonał w latach 1932—1933 Bruno Goebel z Królewca. Ówczesne organy miały trzydzieści dwa głosy i trakturę pneumatyczną, stół gry był wyposażony w dwa manuały i pedał.

Nowo uruchomione właśnie  , dzięki ogromnej ofiarności wiernych, organy kolegiaty są instrumentem koncertowym, czterdziestodziewięciogłosowym, o trakturze elektromagnetycznej, trzech manuałach i pedale; posiadają 3522 piszczałki (z poprzednich zachowało się 960, które w komplecie wykorzystano w obecnych). Przebudowę przeprowadził Marian Nawrót z Wronek, piszczałki labialne wyko­nał Andrzej Zawadzki z Warszawy, głosy językowe — Czesław Leszczyński z Bydgoszczy; kontuar zbudowała firma Bronisława Cepki z Popowa koło Wronek. Konsultantem naukowym był Marian Dorawa, wybitny znawca i konserwator zabytkowych organów. Rozbudowany instrument — będący wotum parafii dobromiejskiej na jubileusz sześćsetlecia kolegiaty — rokuje nadzieje, przy wysokich walorach akustycznych wnętrza, na dobre i wszech­stronne wykorzystanie tak dla celów liturgicznych, jak też prezentacji muzyki organowej dawnej i współczesnej.

Cytowany fragment pochodzi z ksiązki "Zespół Kolegiacki w Dobrym Mieście" autorstwa Andrzeja Rzempołucha. Wydanej w 1989 roku.

Obecnie zainstalowana jest traktura elektro-pnaumatyczna.

Połączenia III/II, I/II, III/I, I/P, II/P, III/P, Super II/II, Super III/II, Sub III/II
Crescendo
Echo III

Biorąc pod uwagę etymologię słowa "traktura", terminu tego należałoby używać tylko do określania mechanicznego systemu przeniesienia ruchu klawisza na ruch wentyla. Jednak w dzisiejszym budownictwie organowym termin "traktura" odnosi się do wszystkich rodzajów systemów przenoszących sygnał z klawiatury do wentyli w wiatrownicy.

Rejestrowa wiatrownica stożkowa (górnozaworowa) jest najczęściej spotykaną odmianą wiatrownicy podłużnej (rejestrowej). Nazwa tej wiatrownicy związana jest z kształtem zaworów, które sterują przepływem powietrza do piszczałek. W wiatrownicy rejestrowej każda piszczałka (w głosie pojedynczym) ma własny zawór i najczęściej ma on wygląd odwróconego stożka; stąd rozpowszechnione używanie określenia "stożkowa" w odniesieniu do tego typu wiatrownic.

Traktura elektro-pneumatyczna jest typem traktury, do budowy której używa się elementów elektrycznych i pneumatycznych. Impulsy przebiegające od stołu gry do wiatrownicy (od elementów dyspozycyjnych do elementów wykonawczych), na różnych etapach tej drogi mogą mieć dwojaki charakter: impulsów elektrycznych (prąd elektryczny) lub pneumatycznych (sprężone powietrze płynące w rurkach, konduktach itp.). Elementy dyspozycyjne zamontowane w stole gry są na ogół urządzeniami elektrycznymi. Przewody obwodów elektrycznych, prowadzone są od stołu gry do wiatrownic, często na znaczne odległości. Najczęściej dopiero w samej wiatrownicy lub w bezpośrednim jej sąsiedztwie znajduje się element odbierający impuls elektryczny i przetwarzający go na impuls pneumatyczny. Właśnie urządzenia pneumatyczne są elementami wykonawczymi w wiatrownicach sterowanych trakturą elektro-pneumatyczną.